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微生物多样性测序
2023-07-26 10:08  浏览:9
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   微生物多样性测序
  是基于二代高通量测序技术对样品中的优势物种、稀有物种以及一些未知的物种进行检测,获得样品中的微生物群落组成以及它们之间的相对丰度。具有低成本、高通量、流程自动化等优势。
  一、样本类型
  涵盖土壤、污泥、发酵、油污、空气、口腔、粪便、海泥、母乳、动植物内生菌、积雪、岩石、根基共生等,几乎存在微生物的各种样品均可进行试验。
  二、扩增子测序
  1、16S rRNA测序(细菌多样性研究)
  2、18S rRNA测序(真核微生物多样性研究)
  3、ITS测序(真菌多样性研究)
  16S rRNA 位于原核细胞核糖体小亚基上,包括 10个保守区和9个可变区,保守区在细菌间差异不大,可变区具有属或种的特异性,随亲缘关系不同而存在差异。16S rDNA适用于细菌系统发育和分类鉴定的指标。
  16S rDNA扩增子测序,通常是选择1-2个可变区,利用保守区设计通用引物进行 PCR 扩增,再对可变区进行测序分析和菌种鉴定。
  16S rDNA扩增子测序技术是研究环境样品中微生物群落结构组成、挖掘样品之间差异的重要手段。同理18S rRNA 和ITS测序分别是针对真核微生物和真菌多样性研究的分类鉴定手段。
  实验流程:样品准备、DNA提取、DNA检测、PCR扩增、产物纯化、文库制备、文库质检、上机测序、生信分析。
  https://www.chem17.com/st416474/product_37676102.html
  http://www.gatherbiotech.cn/Products-37676102.html
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